Lors de l’élaboration de la paie, l’arrêt maladie d’un salarié implique de devoir articuler l’indemnité versée par la CPAM, le complément employeur, la subrogation et le prélèvement à la source, sans dépasser le salaire réellement maintenu. Une erreur, et c’est une régularisation DSN, un écart de net et un salarié mécontent. Depuis la réforme des plafonds de 2025, ce casse-tête s’est encore alourdi.
La gestion des IJSS désigne l’ensemble des opérations de paie permettant de calculer, déduire, compléter et déclarer les indemnités journalières de sécurité sociale versées lors d’un arrêt de travail. Bien maîtrisée, elle sécurise le calcul du net, fiabilise les remboursements CPAM et évite les régularisations. Voici les repères indispensables pour ne plus s’y perdre.
💡L’essentiel sur la gestion des IJSS en paie (TL;DR)
Complexité renforcée : La réforme abaissement le plafond à 1,4 SMIC (contre 1,8 auparavant) augmente le reste à charge de l’employeur lors du maintien de salaire.
Règles de subrogation : Permet à l’employeur de percevoir directement les indemnités pour éviter les décalages de trésorerie au salarié, sans jamais pouvoir conserver un montant supérieur au salaire maintenu.
Contrôle fiscal et social : Exige un suivi rigoureux de la déduction sur le brut avant CSG/CRDS et de l’application du prélèvement à la source (limité aux 60 premiers jours en maladie).
Automatisation Nibelis : Le module Paie calcule automatiquement le maintien de salaire, déduit les IJSS et gère le PAS grâce à des rubriques dédiées et conformes.
Gestion des IJSS : définition et contexte 2026
Ce que recouvre vraiment la gestion des IJSS
Les IJSS sont des prestations versées par la CPAM à partir du 4e jour d’arrêt, en compensation d’une perte de salaire. Les gérer en paie, c’est piloter un flux tripartite CPAM–salarié–employeur : vérifier l’ouverture du droit, calculer le montant, le déduire du salaire brut maintenu, gérer la subrogation éventuelle et appliquer le bon traitement fiscal. Cette mécanique s’articule étroitement avec la gestion des absences et le suivi de chaque arrêt.
Pourquoi la gestion des IJSS s’est complexifiée
Le décret du 20 février 2025 a abaissé le plafond des IJSS maladie à 1,4 fois le SMIC, contre 1,8 fois auparavant, avec effet au 1er avril 2025. La baisse peut dépasser 20 % de l’indemnisation pour les salariés les mieux rémunérés.
Conséquence directe en paie : davantage de reste à charge pour l’employeur en cas de maintien de salaire, et plus de cas où le complément conventionnel absorbe la différence.
Comment calculer les IJSS en 2026
Le calcul repose sur le salaire journalier de base (SJB), dérivé des salaires bruts soumis à cotisations sur les trois mois précédant l’arrêt, dans la limite d’un plafond spécifique. L’IJSS maladie de base correspond à 50 % du SJB, avec majoration possible selon la situation du salarié. Les plafonds 2026 par risque sont à contrôler chaque début d’année :
| Risque | Plafond IJSS 2026 |
|---|---|
| Maladie (régime général) | 41,95 €/jour |
| Maternité/paternité | 104,02 €/jour |
| AT-MP (28 premiers jours) | 240,49 €/jour (60 % du SJB) |
| AT-MP (à partir du 29e jour) | 320,66 €/jour (80 % du SJB) |
Subrogation et maintien de salaire
Le maintien de salaire, complément à la charge de l’employeur
Le Code du travail impose un complément d’indemnisation pour les salariés justifiant d’au moins un an d’ancienneté, à partir du 8e jour d’arrêt, sauf convention plus favorable.
En combinant IJSS et complément employeur, le salarié peut percevoir jusqu’à 90 % de son salaire brut, puis 66,66 % selon l’ancienneté.
La subrogation : mécanisme et conditions
Avec la subrogation, l’employeur perçoit les IJSS à la place du salarié et lui verse le total IJSS + complément, ce qui évite les décalages de trésorerie.
Elle est possible “de plein droit” quand l’employeur maintient au moins le montant des IJSS dues, sur simple demande à la CPAM.
Point de vigilance : l’employeur ne peut jamais conserver plus d’IJSS que le salaire effectivement versé, l’excédent devant être reversé au salarié (Cass. soc. 7 juillet 1993, n° 89-44060).
Comment gérer les IJSS sans erreur ?
Quelques réflexes sécurisent chaque arrêt et limitent les régularisations :
- Qualifier correctement l’arrêt : maladie, AT-MP ou maternité/paternité déterminent les taux et plafonds applicables.
- Déduire les IJSS du brut : elles ne sont pas soumises à cotisations ; la déduction se fait sur le montant brut avant CSG/CRDS.
- Maîtriser le PAS : pour la maladie non professionnelle, le prélèvement à la source ne s’applique que sur les 60 premiers jours d’arrêt, sans double comptage des IJSS subrogées dans le net imposable.
- Paramétrer le SIRH : rubriques distinctes pour IJSS, complément employeur et régularisations, alignées sur la convention collective.
Ces contrôles se prolongent naturellement vers l’absence non rémunérée et la gestion administrative du personnel, voire la rupture du contrat de travail lorsque l’arrêt se prolonge.
Avec le module Paie Nibelis, automatisez la déduction des IJSS, le calcul du maintien de salaire et le traitement du PAS, avec des rubriques dédiées et des contrôles de cohérence intégrés – au sein d’un SIRH 100 % français.
